En la temporada 2002/03, con Javier Imbroda de técnico, la sección no logró los éxitos que sí lograría el equipo de fútbol en el año del centenario de la entidad, quedando además fuera de los play-off de Liga por primera vez en la historia. Además, en la temporada 2000/01, en la que quedó subcampeón de Liga y de Copa (cayendo ante el Barcelona en sendas competiciones), Florentino Pérez nombra a Emiliano Rodríguez presidente de honor de la sección de baloncesto (en 2009 también de la Asociación de Veteranos), uno de los mejores jugadores de la historia del baloncesto europeo.
